En la Liga II-2006, misma en la que el rojinegro se coronó campeón, Flórez fue titular en la victoria 1-0 en el estadio Daniel Villa Zapata de Barrancabermeja (30 de julio, fecha 3). Aquella tarde marcó Pedro Portocarrero.
En ese mismo certamen, en la fecha 9 celebrada el 10 de septiembre en el General Santander, también participó en la victoria 3-2 del rojinegro con goles de Lin Carlos Henry (2) y Macnelly Torres. Flórez entró en la segunda parte por Henry, la figura del partido.
Para la temporada 2007, donde Cúcuta Deportivo fue semifinalista de la Copa Libertadores, estuvo ausente en el duelo del primer semestre celebrado en la capital de Santander que fue ganado 2-1 por el motilón con tantos de Blas Pérez y Alex del Castillo, en la fecha 9 (1 de abril).
Una semana después, en la jornada 10, el Rolo sí participó de otro triunfo 2-0 (Macnelly Torres y Blas Pérez) en el ‘Coloso de Lleras’ entrando en el segundo tiempo por el juvenil Camilo Marrugo (hoy administrador del estadio).
Para la Liga II-2007, Nelson solo jugó en el Alfonso López siendo titular en la victoria 1-2 del Cúcuta (Diego Cabrera y Alex del Castillo) en la fecha 10 celebrada el 23 de septiembre.
En su último año como motilón, en 2008, no jugó en ninguno de los dos clásicos de la Liga I. En el segundo semestre fue titular en ambos: caída 1-0 en el Alfonso López (fecha 1, 19 de julio) y empate 0-0 en el General Santander (fecha 9, 21 de septiembre).
Además de los partidos de Liga, ese año también se encontraron en la Copa Colombia. Flórez fue titular en la caída 2-0 en el General Santander (30 de abril, fecha 4).
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