La Sección Quinta del Consejo de Estado declaró la nulidad del acto administrativo mediante el cual se designó a Leopoldo Alberto Múnera Ruiz como rector de la Universidad Nacional de Colombia para el periodo 2024-2027 al considerar que el Consejo Superior Universitario (CSU) actuó sin competencia y desconoció la elección previa de José Ismael Peña Reyes que ya gozaba de presunción de legalidad y no podía ser revocada unilateralmente por el ente universitario.
El alto tribunal administrativo tomó esta decisión en sentencia de única instancia tras estudiar las demandas contra la Resolución 068 del 6 de junio de 2024. En sus consideraciones, la corporación judicial resaltó que el proceso de elección original culminó el 21 de marzo de 2024 con la designación de José Ismael Peña Reyes, un hecho que cerró el ciclo administrativo de selección en ese momento.
La Sala explicó que el CSU incurrió en una interpretación errónea de las normas vigentes. Específicamente, el organismo aplicó de forma equivocada el artículo 41 de la Ley 1437 de 2011. Esta norma permite corregir irregularidades en las actuaciones administrativas, pero la ley establece que dicho procedimiento es procedente únicamente antes de que se expida el acto definitivo con el que culmina un trámite, situación que ya había ocurrido meses atrás con la elección de Peña.
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Sin competencia para corregir
El Consejo de Estado determinó que el máximo órgano colegiado de la institución educativa, bajo el argumento de corregir una irregularidad, actuó sin la competencia necesaria. Al designar a Múnera Ruiz meses después de haber elegido a Peña, el CSU desconoció la presunción de legalidad que reviste a los actos administrativos, incluidos los de elección o nombramiento.
La jurisprudencia señala que dicha presunción de legalidad solo puede ser desvirtuada a través de una decisión adoptada por la jurisdicción de lo contencioso administrativo, es decir, por un juez de la República, y no por la misma entidad que emitió el acto una vez este ha cobrado firmeza. Esta circunstancia impactó directamente la validez de la posterior elección de Leopoldo Alberto Múnera Ruiz, lo que llevó a la Sala a encontrar acreditados los cargos de nulidad propuestos en la demanda.
Esta decisión se suma al fallo emitido el pasado 4 de septiembre de 2025, cuando la misma Sección Quinta validó la elección original de José Ismael Peña. En aquella oportunidad, los magistrados negaron las pretensiones que buscaban anular su designación y concluyeron que el proceso del 21 de marzo de 2024 se adelantó conforme a la ley y respetando los reglamentos internos, incluido el uso del método de votación Borda.
Aunque en ese momento el tribunal aclaró que validar la elección de Peña no implicaba una orden automática de reintegro debido a que Múnera ocupaba el cargo, la nueva sentencia que tumba el nombramiento de Múnera despeja el panorama jurídico. En su momento, los demandantes argumentaron la existencia de un "plan premeditado" para violentar los estatutos, tesis que fue desestimada por la justicia al comprobarse que el método de votación fue aprobado por las mayorías requeridas.
El origen del conflicto
La crisis de gobernabilidad en la universidad pública más importante del país comenzó tras la sesión del 21 de marzo de 2024. Pese a que Leopoldo Múnera ganó la consulta no vinculante a la comunidad académica con el 34,4 % de los votos, el Consejo Superior, en ejercicio de su autonomía y mediante el sistema de votación ponderada, eligió a José Ismael Peña.
Esta situación derivó en protestas, la negativa de la entonces ministra de Educación, Aurora Vergara, a firmar el decreto de nombramiento y una posesión atípica de Peña ante una notaría. Posteriormente, el Gobierno impulsó una nueva sesión del CSU en junio de 2024 donde se intentó subsanar el proceso nombrando a Múnera, acto que hoy queda sin efectos jurídicos.
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La decisión judicial deja a la Universidad Nacional ante un nuevo escenario administrativo. Previamente, ex rectores de la institución, como Dolly Montoya y Moisés Wasserman, habían solicitado al CSU reactivar su participación en el organismo al considerar que la legitimidad institucional se había restablecido con la validación de la elección de Peña.
Leopoldo Múnera había manifestado con anterioridad que respetaría las decisiones judiciales. "Yo he dicho todo el tiempo que voy a respetar los fallos", señaló el académico en declaraciones pasadas, indicando que, aunque no compartiera las determinaciones, su deber era acatarlas. Con la nulidad de su elección declarada, se espera un pronunciamiento oficial sobre la transición en la rectoría y la formalización del cargo para el periodo restante.
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