Desde su creación en 1991, la Fiscalía General de la Nación ha tenido 14 fiscales, cuatro de los cuales estuvieron frente a la dirección como encargados mientras se elegía al titular.
El primer fiscal general de Colombia fue el abogado y rector del Colegio Mayor de Nuestra Señora del Rosario, Gustavo de Greiff Restrepo.
De Greiff asumió el cargo en 1992 y manejó los destinos de la naciente entidad hasta 1994, tiempo durante el cual conformó la división administrativa de las direcciones regionales de la Fiscalía y consolidó las funciones del Consejo Regional y Seccional de Policía Judicial, entre otros.
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A de Greiff le sucedió el también abogado y profesor Alfonso Valdivieso Sarmiento, quien asumió la dirección en 1994 y concluyó su gestión en 1997.
Valdivieso asumió una postura radical frente al narcotráfico, lo que lo llevó a tener una evidente oposición al gobierno de Ernesto Samper, luego de dar inicio al conocido al "Proceso 8000".
Para el periodo de 1997 a 2001, luego de la renuncia de Valdivieso y tras una terna presentada por el aún presidente Samper, fue elegido en el cargo Alfonso Gómez Méndez, quien caracterizó su gestión por los avances en la judicialización de jefes guerrilleros y la creación de la Unidad Especial de Derechos Humanos.
En el 2001, durante la presidencia de Andrés Pastrana, fue elegido como fiscal general Luis Camilo Osorio, protagonista de una de las direcciones más polémica y cuestionadas desde que se creó esta institución.
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Aunque llegó al término del periodo de cuatro años, la gestión de Osorio fue vinculada al paramilitarismo y en su contra existen cerca de 50 procesos por prevaricato e investigaciones de crímenes de lesa humanidad, que aún siguen sin resolverse.
Durante el primer periodo presidencial de Álvaro Uribe, el elegido fue Mario Iguarán, que durante su gestión adelantó investigaciones sobre irregularidades en contrataciones públicas, casos de 'falsos positivos' y la conexión entre el grupo guerrillero FARC y la política, conocida como "Farcpolítica".
Por un periodo menor y tras quedar como encargado en reemplazo de Iguarán, llegó el jurista Guillermo Mendoza Diago.
En su gestión, declaró el caso del magnicidio de Luis Carlos Galán, como un delito de lesa humanidad y formuló acusación contra el exministro del Interior y de Justicia Sabas Pretelt de la Vega por el presunto delito de cohecho. durante el escándalo político de corrupción conocido como “Yidispolítica”.
El 11 de enero de 2011 fue elegida Viviane Morales, la primera mujer en asumir el cargo de fiscal general de la Nación.
La Fiscalía bajo el manejo de Morales se caracterizó por presentar el Proyecto de Reforma a la Ley 975 de 2005 (Ley de Justicia y Paz) y adelantar procesos en casos como el de Agro Ingreso Seguro y las 'chuzadas' del DAS.
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Finalmente, y tras poco más de un año y luego de una demanda solicitando la nulidad de su cargo, Morales renunció en el 2012 asumiendo como encargada la abogada Martha Lucía Zamora.
Tras una terna en la que también destacaban Mónica de Greiff y María Luisa Mesa, fue elegido el abogado Luis Eduardo Montealegre Lynett. De su gestión se destaca las condenas sobre escándalos como el 'carrusel de la contratación' y el caso de Interbolsa.
En su reemplazo, llegó el abogado y economista Néstor Humberto Martínez, quien asumió el cargo como fiscal general en 2016.
En medio de escándalos como el de Odebretch y el “Cartel de la toga” y luego de la decisión que adoptó la Justicia Especial para la Paz (JEP), sobre la no extradición de alias Jesús Santrich, el Fiscal presentó renuncia irrevocable el 15 de mayo de 2019.
Tras la salida de Martínez y la renuncia de María Paulina Riveros, quien fungía como vicefiscal, quedó encargado el abogado y especialista en ciencias penales, Fabio Espitia, quien estuvo al frente por casi un año.
En medio de una decisión unánime de la Corte Suprema de Justicia de una terna enviada por el entonces presidente Iván Duque, fue elegido el abogado Francisco Barbosa.
Aunque Barbosa denominó su gestión como “la mejor fiscalía de la historia”, su paso por el ente acusador estuvo rodeado de críticas por archivar los casos de Uribe y la “ñeñepolítica”, y hacer poco por avanzar en el mayor escándalo de corrupción, Odebretch, puesto que solo hubo orden de arresto para funcionarios de mandos medios.
Tras la salida de Barbosa, a principios del 2024, asumió el encargo de ese despacho la vicefiscal, Martha Janeth Mancera, quien espera por la persona que la sucederá en el cargo y que será la décimo quinta Fiscal General de la Nación.
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